Большинство тест-систем рассчитано на 30-40 циклов ПЦР. Однако при проведении 40 циклов на матрице, выделенной из биологического материала, может происходить накопление неспецифических продуктов. Поэтому для получения более четкого сигнала целесообразно снизить количество циклов до 25-30. Но в случае определения микроорганизма, содержащегося в низкой концентрации, такое число циклов оказывается недостаточным. Тогда следует использовать гнездовую ПЦР, или nested PCR. Схема проведения гнездовой ПЦР представлена на рисунке ниже.

Данная модификация предполагает проведение двух ПЦР последовательно: после первой реакции проводится реамплификация, т. е. вторая ПЦР, при которой в качестве матрицы используется продукт первой реакции. Праймеры для гнездовой ПЦР подбираются с таким расчетом, чтобы места гибридизации праймеров для второй ПЦР находились внутри участка ДНК, ограниченного праймерами для первой ПЦР.

Таким образом, специфический продукт первой ПЦР может служить матрицей для второй, а неспецифические продукты, если они образуются в течение первой реакции, выступать в роли матрицы во второй ПЦР не могут. Гнездовая ПЦР требует несколько большего времени, но позволяет добиться многократного повышения чувствительности анализа. Также существенно повышается специфичность анализа.

- Читать далее "Детекция результатов ПЦР, или ОТ/ПЦР"

Редактор: Искандер Милевски. Дата публикации: 24.08.2019