К физическим методам картирования относится также метод гибридизации in situ. В том случае, когда нам известна последовательность ДНК интересующего нас локуса (а теперь такая ситуация возникает нередко), эту последовательность можно использовать для гибридизации с хромосомами in situ, и место гибридизации будет однозначно указывать на локализацию локуса в определенном районе определенной же хромосомы.

Обычно гибридизации in situ предшествует выделение мРНК из какого-либо органа или ткани для характеристики функциональной дифференциальной активности генов в соответствующем органе. На основе этих мРНК с помощью обратной транскриптазы получают кДНК. Такие кДНК представляют собой экзоны тех генов, которые проявляют активность в исследуемом органе. Эти кДНК можно использовать как основу для создания ДНК-зондов.

Их можно метить флюоресцентными красителями, применять для флюоресцентной гибридизации с препаратами прометафазных хромосом, которые обработаны соответствующим образом для того, чтобы добиться денатурации нитей ДНК (FISH-анализ). В этом случае ДНК-зонд гибридизуется с комплементарной последовательностью на хромосомах, и по флюоресцентному свечению выявляется и локализуется ген, с которого транскрибировалась мРНК, послужившая исходным звеном всего анализа.

- Читать далее "Гибридизация соматических клеток и картирование генов человека."