Программа «Идентификация» для автоматизации проведения микробиологических исследований

Для проведения идентификации при визуальном считывании коммерческих тест-систем в бланке анализа на требуемом номере микроорганизма нажатием правой клавиши мыши вызвать контекстное меню. В данном меню выбрать команду «Идентифицировать...», в результате на экране появится диалог по идентификации.

Программа «Идентификация» для автоматизации проведения микробиологических исследований
Диалог по идентификации.

Выбор банка производится по результатам первичной дифференциации идентифицируемого микроорганизма.

Выбор необходимого банка осуществляется через выпадающий список в поле «Банки идентификации».

Программа «Идентификация» для автоматизации проведения микробиологических исследований
Перечень компьютерных банков.

При идентификации оксидазонегативной культуры с использованием тест-системы ММТ Е24 это будет банк «Оксидаза-Грам-.», для идентификации энтерококков выбирается банк «Энтерококки», после чего появляется экранная форма с перечнем всех тестов, заложенных в банк данных на эту группу микроорганизмов.

При проведении идентификации визуально учитывают результаты выполненных планшетных тестов, тестов при помощи диагностических полосок и дополнительных тестов (морфология, рост на среде Эндо, гемолиз, подвижность, ферментация глюкозы, оксидаза, пигмент и др.), отмечая их [+] при положительной реакции, [-] при отрицательной и [?] при нечеткой реакции. Например, при работе с банком «Энтерококки» интерпретация результатов планшетных биохимических реакций может выглядеть следующим образом.

Программа «Идентификация» для автоматизации проведения микробиологических исследований
Результат первичной идентификации.

Как видно из рисунка, перечень не ограничивается только планшетными тестами (в тест-системе их восемь), а включает ряд дополнительных биохимических и других тестов, которые используются для идентификации энтерококков.

Из рисунка ниже видно, что попытка проведения идентификации по восьми планшетным тестам с добавлением одного обязательного теста на диагностической полоске VPT-тест не удалась. При просмотре «Несовпавших тестов» выявлено их отсутствие.

При анализе дополнительных тестов выявлено два теста: на лактозу и рибозу, которые должны быть положительными у первой культуры в 95 и 97 % случаев соответственно и отрицательными — у второй.

Программа «Идентификация» для автоматизации проведения микробиологических исследований
Несовпавшие тесты.
Программа «Идентификация» для автоматизации проведения микробиологических исследований
Дополнительные тесты.
Программа «Идентификация» для автоматизации проведения микробиологических исследований
Результаты идентификации.

При внесении теста на лактозу, который у первой культуры оказался положительным, результатом идентификации оказался Enterococcus faecalis.

После завершения ввода результатов тестов программа проводит расчет результатов идентификации, включающих следующие параметры:

1. Наименование наиболее вероятного или вероятных микроорганизмов из имеющихся в банке данных.

2. Подобие (вероятность или % идентификации) — показатель, указывающий, насколько полученный профиль соответствует идентифицированному микробу по сравнению с другими таксонами, включенными в данный банк данных. Этот показатель может варьироваться от 0 до 100 %.

3. Т-индекс — показывающий, насколько идентифицированный микроб по своему профилю соответствует данному таксону. Этот показатель колеблется от 0 до 1 и обратно пропорционален количеству атипичных тестов.

4. Качественную оценку идентификации, которая определяется соотношением % идентификации и Т-индекса: «отличная» — % идентификации —99,9 и более, Т-индекс — 0,75 и более, «очень хорошая» — % идентификации - 99,0 и более, Т-индекс — 0,50 и более, «хорошая» — % идентификации — 90,0 и более, Т-индекс — 0,25 и более, «приемлемая» — % идентификации — 85,0 и более, Т-индекс — 0,10 и более.

5. Данные о несовпадающих (атипичных) тестах в полученном профиле для каждого из вероятных таксонов с процентом положительных реакций, заложенных в банке.

6. Перечень дополнительных разделительных тестов в случае получения двух и более вероятных культур с указанием процента положительных реакций для каждого теста и таксона; после выполнения и внесения рекомендуемых дополнительных тестов программа позволяет провести повторную идентификацию культуры.

7. Идентификацию до рода или группы микроорганизмов одного рода в случае неудовлетворительной идентификации каждого из выбранных таксонов, но в сумме дающих для двух и более таксонов одного родового наименования удовлетворительные показатели.

В практической работе следует обращать особое внимание на те случаи, когда в таблице результатов идентификации появляются редко встречающиеся виды бактерий, причем для них нет ни одного несовпадающего с банком данных теста. В этих случаях для подтверждения результата рекомендуется повторить исследование с постановкой дополнительных тестов, приготовив суспензию из популяции, выращенной из отдельной колонии на неселективной среде, полностью исключив возможность присутствия примеси посторонних микроорганизмов, особенно медленно растущих.

Опыт работы с коммерческими тест-системами и компьютерной идентификации микроорганизмов позволяет нам дать дополнительные рекомендации для получения более убедительного результата верификации. Так, при идентификации бактерий из семейств Enterobacteriaceae, Aeromonadaceae и Vibrionaceae (банк данных «Грамотрицательные ферментирующие бактерии»), а также бактерий семейства Enterobacteriaceae и некоторых оксидазоотрицательных неферментирующих бактерий (банк данных «Оксидазоотрицательные грамотрицательные бактерии») при использовании мультимикротестов ММТ Е24, ENTEROtestl6 и ENTEROtest24 целесообразно дополнительно к результатам тестов в планшетах и на диагностических полосках вносить результаты тестов утилизации глюкозы на среде Хью-Лейфсона, на газообразование из глюкозы, оксидазную активность, подвижность культуры, наличие пигмента.

Для компьютерной идентификации оксидазоположительных грамотрицательных микроорганизмов при использовании микротест-систем NEFERMtest24 (банк данных «Оксидазоположительные грамотрицательные бактерии») в качестве дополнительных к планшетным необходимо внести показатели следующих тестов: ОКСИтест, утилизация глюкозы на среде Хью-Лейфсона, рост на среде Эндо, на подвижность, наличие пигмента, а при использовании среды Клиглера (Олькеницкого) — на наличие сероводорода.

При компьютерной идентификации стафилококков с использованием микротест-систем STAPHYtestl6 рекомендуется дополнительно к планшетным тестам вносить результаты ВПтеста, теста на наличие или отсутствие гемолиза, каратиноидного пигмента, а в ряде случаев — и результат реакции плазмокоагуляции.

Для идентификации стрептококков при использовании микротест-систем STREPTOtestl6 следует дополнительно к планшетным тестам внести данные теста на наличие бета-гемолиза, результаты ВП- и ПИРАтестов.

При идентификации энтерококков, кроме планшетных тестов ENCOCUStest и результата ПИР-теста, желательно внести результаты тестов на наличие гемолиза, пигмента, подвижности.

Для компьютерной идентификации анаэробов с использованием микротест-систем ANAEROtest23 помимо результатов тестов, получаемых на индикаторных средах, необходимо внести данные о морфологии микроорганизмов, отношении к окраске по Граму, наличии или отсутствии спорообразования для разделения микроорганизмов на подгруппы, наличие черного пигмента, газообразования.

При проведении идентификации грибов с использованием коммерческой тест-системы Auxacolor2 после внесения результатов тестов, полученных в микроплашке, добавить данные о наличии пигмента, артроспор, капсул, росте при 37 °С и др.

При всех достоинствах и преимуществах программы «Идентификация» в случае большого объема выполняемых исследований визуальное считывание биохимических тестов и внесение их вручную в экранную форму для последующей компьютерной обработки желательно заменить на автоматическое с использованием приборов ридеров.

- Читать далее "Программа «МИКРОБ-АВТОМАТ» для автоматизации проведения микробиологических исследований"

Редактор: Искандер Милевски. Дата публикации: 4.09.2019

Остались вопросы или замечания?

Все размещенные статьи преследуют образовательную цель и предназначены для лиц имеющих базовые знания в области медицины.
Без консультации лечащего врача нельзя применять на практике любой изложенный в статье факт.
Жалобы и возникшие вопросы просим присылать на адрес statii@dommedika.com
На этот же адрес ждем запросы на координаты авторов статей - быстро их предоставим.